Ngài là trưởng nam của Đức Ông Huỳnh Công Bộ và Đức Bà Lê Thị Nhậm; một gia đình trung lưu, nhiều phúc hậu và nhiều uy tín với nhân dân địa phương.Thuở nhỏ, vừa học đến hết bậc tiểu học thì đau ốm liên miên, nên Ngài phải rời nhà trường về dưỡng bịnh. Từ 15 đến 19 tuổi, Ngài không lúc nào dứt được cơn đau. Và không một lương y nào trị được.
Năm 1939, sau khi hướng dẫn thân phụ đi miền Thất Sơn và Tà Lơn, Ngài hoát nhiên đại ngộ. Ngày 18 – 5 Kỷ Mão (1939), Ngài chính thức mở đạo. Bắt đầu là công việc chữa bịnh. Ngài chữa lành được các chứng hiểm nghèo với phương pháp thật giản đơn là chỉ dùng lá cây, nước lã, giấy vàng, khiến các Bác sĩ Tây y, các dược sư Đông Y lẫn các danh gia phù thuỷ đều phải ngạc nhiên.Song song với việc chữa bịnh, Ngài thuyết pháp thao thao bất tuyệt. Nhiều Thi sĩ, văn gia, luật gia nghe tiếng, đến chất vấn, đều phải nhận Ngài là một bậc siêu phàm.
Cũng từ năm 1939, Ngài sáng tác thật nhiều kệ giảng nội dung tiên tri chiến cuộc sẽ tràn lan, nhân loại sẽ điêu linh và kêu gọi mọi người nên bỏ dữ về lành, thực hành tứ ân, trau dồi thiền tịnh để trở thành hiền nhân trong xã hội và tiến đến sự nhập diệu cõi đạo.Nhìn qua công đức giảng dân cứu chúng, người ta thấy Ngài chữa được hằng vạn chứng hiểm nghèo, thuyết pháp hàng ngàn lần trước đại đa thình chúng và sáng tác sáu quyển kệ giảng cùng với hàng trăm bài thi, ca, văn, chú có giá trị siêu việt.
Văn chương của Ngài cực kỳ bình dân nhưng rất hàm xúc hấp dẫn. Ngài viết không cần giấy nháp.Giáo pháp của Đức Giáo Chủ tuy cao siêu nhưng không kém phần thực tế, có thể áp dụng cho bất cứ một nới nào trên thế gian. Ngài là một nhà cải cách tôn giáo. Vì trước khi Ngài ra đời, Đạo Phật Việt nam bị đình đốn sai lạc, và Đạo Phật thế giới chưa nói tới việc canh tân. Ngài đã cắt bỏ tất cả những nghi lễ phiền toái mà nguyên căn không phải của Đức Thích Ca chủ trương, đồng thời còn canh tân nhiều điểm trong phương pháp thực hành đạo Phật mà trước kia không hề có.Nhờ giáo pháp thích thời đó nên chỉ trong một thời gian ngắn, Ngài thu phục được hai triệu tín đồ tại miền Nam Việt Nam và ảnh hưởng mỗi lúc càng lan rộng thêm ra.Gần một năm sau ngày khai đạo, ảnh hưởng tâm lý và tác động xã hội của Phật Giáo Hòa Hảo làm người Pháp lo ngại.
Nhằm cách ly tín đồ và triệt hạ êm thắm, ngày 12 tháng 4 năm Canh Thìn (1940) người Pháp cho dời Đức Thầy đến Sa Đéc. Rồi quản thúc Ngài ở làng Nhơn Nghĩa 4 ngày sau đó.Ơ đây Ngài lại được tôn sùng hơn trước, quy tụ quần chúng quy y nhiều hơn. Người Pháp buộc lòng tìm cho Đức Thầy một chứng bịnh, đưa vào khám ở bệnh viện Cần Thơ ngày 29 – 6, đến 4-7 chuyển thẳng lên nhà thương Chợ Quán.Đến ngày 19- 5 Tân Tỵ (19-6- 1941) bị đưa về Bạc Liêu. Ở đây, Đức Thầy không được thuyết pháp và trị bịnh, mỗi thứ hai đến trình diện tại Ty công an.Số lượng tín đồ vẫn gia tăng. Quân Nhật vào Đông Dương. Sợ Nhật liên kết cùng Phật Giáo Hòa Hảo, người Pháp có ý định đày Đức Thầy sang Lào. Chưa kịp hành động thì Nhật cưởng bách Đức Thầy đưa về Sài Gòn gây tình cảm hầu lợi dụng sau nầy. Phải tá túc ở Hiến Binh Nhật chờ đợi thời cơ gánh vác việc nước nhà, Ngài có làm một câu đối diễn tả hoàn cảnh và tâm trạng của mình:
"Trương Tiên tá Hớn phi thần Hớn
Quan Đế cư Tào bất đê Tào."
Những tháng đầu của năm 1945, những bài viết đặc sắc kêu gọi, khơi dậy lòng yêu nước thương dân của các tầng lớp dân chúng đứng lên giành độc lập, tự do được công bố. Cũng trong thời gian này, Đức Thầy thành lập Việt Nam Phật giáo Liên Hiệp Hội để đoàn kết Đạo Phật.Năm 1945, nạn đói khủng khiếp đã xảy ra ở miền Bắc đưa đến một thảm hoạ bi thảm nhất trong lịch sử cận đại, gần hai triệu đồng bào bị chết đói. Nhằm cứu vãn và chấm dứt nỗi đau chung, Đức Thầy đi thuyết pháp – khuyến nông gần hai tháng qua 107 đại điểm và kết thúc vào ngày 26 – 6 ở Hòa Hảo.Lúc bấy giờ Ngài giữ một thái độ dè dặt vì biết rõ thâm ý của quân phiệt Nhật. Cuộc đảo chánh ngày 9 - 3 - 1945 đến, rồi mấy tháng sau, số phận Nhật cũng tới hồi kết thúc. Pháp chạy Nhật hàng, vua Bảo Đại thoái vị, Cách Mạng tháng tám thành công, Chủ Tịch Hồ Chí Minh đọc bản Tuyên ngôn đọc lập ngày 2 – 9 – 1945, thành lập nước Việt Nam Dân Chủ Cộng Hòa.Kể từ khi thực dân Pháp theo chân đế quốc Anh trở lại miền Nam, chúng dùng mọi thủ đoạn hòng chia rẽ khối đại đoàn kết toàn dân tộc, gây không biết bao nhiêu cảnh giết chóc lẫn nhau.
“Thấy dân thấy nước nghĩ mà đau
Quyết rứt cà sa khoác chiến bào
Đuổi bọn xâm lăng gìn đất nước
Ngọn cờ độc lập phất phơ cao”
Sau tạm ước ngày 6 – 3 – 1946 Đức Thầy tham gia Ủy ban hành chánh kháng chiến Nam Bộ của Mặt Trận Việt Minh, với chức vụ Uỷ Viên đặc biệt, góp phần un đúc, phát huy tinh thần yêu nước, đoàn kết giữa các tầng lớp đồng bào.Đầu năm 1947, để tránh cốt nhục tương tàn, Ngài đã về miền Tây Nam bộ nhằm mục đích giải hoà tình thế hầu đoàn kết chống thực dân hiệu lực hơn.Trong hoàn cảnh chính trị cực kỳ rối rắm ở miền Tây dưới sự khuynh loát cuả Phòng nhì tay sai thực dân Pháp, sau một cuộc binh biến, kể từ ngày 16 - 4 – 1947 không ai rõ tin tức về Đức Thầy, nhưng toàn thể tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo vẫn mong đợi ngày về của Đức Tôn Sư. Trên bước đường thực hiện sứ mạng thiêng liêng của một vị Bồ Tát, Ngài luôn làm chủ tư tưởng, hành động đã từng thệ nguyện “Ta chịu khổ khổ cho bá tánh”.
Toàn bộ Sấm giảng Thi Văn giáo lý của Đức Huỳnh Giáo Chủ đã phản ánh đầy đủ tư tưởng, hành động của Ngài. Việc vắng mặt có mặt, đi hay về vẫn mở ra cho hầu hết tín đồ chân tu tâm đạo Phật Giáo Hòa Hảo một con đường đi tới cứu cánh của Đạo pháp.
Nhưng cũng từ đó, trược dài đến Hiệp định Genève (1954) sau các cuộc phân hoá nội bộ của một số phe nhóm cầm đầu trong đạo, miền Nam dưới chế độ gia đình trị họ Ngô, Phật Giáo Hòa hảo lại bị đàn áp mạnh tay. Đã không được tự do sinh hoạt mà nhiều tín đồ trung kiên còn bị thủ tiêu tù đày…
Nhẫn nhục dưới quyền lực và cắn răng chịu phân hoá đến ngày họ Ngô sụp đổ, năm 1966, Phật Giáo Hòa Hảo tái hoạt động. Cứ ngở là với kinh nghiệm đau thương chừng ấy năm đủ tạo thành một nhận thức tốt hơn để hành đạo, nhưng chưa được bao lâu lại bị tiếp tục xẽ chia. Tuy nhiên, với bản chất thuần phác của người nông dân, đa phần tín đồ vẫn một lòng theo Thầy giữ đạo, tham gia Cách mạng, giải phóng miền Nam.Không được dìu dắt tốt nhưng trong tâm tư người chân đạo vẫn y nguyên sắc nâu thuần khiết.30 -4- 1975, đất nước hoà bình thống nhất “ngọn cờ độc lập phất phơ cao” đã tạo ra một bước ngoặc.
Sau đó một thời gian, Phật Giáo Hoà hảo được hoạt động. Thông qua Đại hội đaị biểu tín đồ toàn đạo đã chính thức suy cử – thành lập Ban Trị sự Trung ương Giáo Hội Phật Giáo Hòa hảo, xây dựng đường hướng Vì Đạo Pháp – Vì Dân Tộc, thông qua hiến chương và chương trình đạo sự, hướng dẫn thống nhất toàn đạo tu đúng giáo lý, giáo luật, tôn chỉ hành đạo thuần tuý chơn truyền của Phật Giáo Hòa Hảo.